ΑΡΧΙΜΗΔΗΣ ΙΙΙ

ΕΝΙΣΧΥΣΗ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΩΝ ΟΜΑΔΩΝ ΣΤΑ TEI

Ανάλυση πρωτεϊνικών δεδομένων φασματομετρίας μάζας για ταυτοποίηση βιοδεικτών του καρκίνου του προστάτη

Περίληψη

Ο καρκίνος του προστάτη είναι η δεύτερη αιτία θανάτου όλων των τύπων καρκίνου στις Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής και στον Καναδά. Η περισσότερο ευρέως χρησιμοποιούμενη μέθοδος για την ανίχνευση του καρκίνου του προστάτη είναι η μέτρηση του ειδικού προστατικού αντιγόνου (prostate specific antigen, PSA). Η βασισμένη στο PSA διαγνωστική δοκιμασία χαρακτηρίζεται από υψηλή ευαισθησία. Παρόλ’ αυτά, η χρησιμότητά της ως βιοδείκτης πρώιμης διάγνωσης περιορίζεται από τη χαμηλή της ειδικότητα.

Η ανάλυση δεδομένων φασματοσκοπίας μάζας (mass spectrometry, MS) βοηθάει στην κατανόηση της συσχέτισης πρωτεϊνών και πεπτιδίων με διάφορες ασθένειες, καθώς και στην πρώιμη διάγνωση του καρκίνου.

Στις πιο πρόσφατες μελέτες, ο λόγος ορθής ταξινόμησης μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών περιπτώσεων MS είναι υψηλός. Παρόλ’ αυτά, η ταυτοποίηση της πρωτεϊνικής υποομάδας, όπως εμφανίζεται στο φάσμα MS, που παρέχει το μέγιστο διαχωρισμό και, ταυτόχρονα, συνδέεται με καρκίνο του προστάτη, ώστε να μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως αξιόπιστος βιοδείκτης, παραμένει ανοικτή ως ερευνητικό πεδίο.

Στον παρόν έργο αναπτύσσονται νέες μέθοδοι για την επίλυση προβλημάτων που σχετίζονται με την επεξεργασία των βιοσημάτων MS, χρησιμοποιώντας δεδομένα διαθέσιμα στη διεθνή ερευνητική κοινότητα, ενώ επίσης αναπτύσσεται ένα σύστημα αναγνώρισης προτύπων για την ταξινόμηση φυσιολογικών και καρκινικών φασμάτων MS προστάτη, ώστε να εκτιμηθεί η δυνατότητα για εντοπισμό πιθανών βιοδεικτών για καρκίνο του προστάτη.

Μετά την υλοποίηση ενός ολοκληρωμένου συστήματος για επεξεργασία, ανάλυση και αναγνώριση προτύπων σημάτων MS προστάτη, αναμένεται υψηλής ακρίβειας διαχωρισιμότητα μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών δεδομένων MS προστάτη και, ως αποτέλεσμα, πιθανή ταυτοποίηση βιοδεικτών καρκίνου του προστάτη.



Ερευνητική ομάδα υλοποίησης του έργου:

Μέλη ΚΕΟ Μέλη ΟΕΣ
Ιωάννης Καλατζής, Καθηγητής Εφαρμογών, PhD  
Ασβεστάς Παντελεήμων, Καθηγητής Εφαρμογών, PhD Κωστόπουλος Σπυρίδων, PhD
Γκλώτσος Δημήτρης, Καθηγητής Εφαρμογών, PhD  
Σακελλαρόπουλος Γιώργος, Επίκουρος Καθηγητής Σιδηρόπουλος Κωνσταντίνος, MSc, PhDcandidate
Βλάχου Αντωνία, Ειδική Λειτουργική Επιστήμονας Α'  
 
ΔΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ